和议失败后，明廷决定先发制人。万历二十五年三月，明廷以山东右参政杨镐为佥都御史、经理朝鲜军务，以兵部侍郎邢玠为尚书兼都察院副都御史，总督蓟辽保定军务，兼理粮饷，经略御倭。兵部主事杨汝南、丁应泰赞画军务，开赴朝鲜，此为丁酉再乱明军主帅与幕僚团。这一阶段最为突出的矛盾是经理杨稿与赞画丁应泰之间的矛盾。杨镐为河南商丘人，万历八年进士，先为江西南昌、保定蠡县知县，入为御史，后为山东参议，分守辽海道，从此与辽东有不解之缘。
丁酉再乱
曾与辽东总兵官董一元、副将李如梅深入蒙古炒花部，捣其巢穴，又曾在辽东督军垦荒屯田，兵食为足。所以得到内阁张位等人的赏识，由山东参议用为都察院佥都御史经理御倭军务。杨镐在日军攻陷南原和全州之后，从平壤急驰到王京督战，与提督麻贵商定对策，在稷山埋下伏兵，破极日军，才稍微缓和了朝鲜战场上紧张的局势。蔚山之役的失败导致杨稿被丁应泰弹劾而免职。丁应泰，湖广武昌府江夏县人，兵部主事。年正月，以军门赞画监军前往朝鲜，五月返回北京；九月再赴朝鲜，次年三月再回京。两次赴朝，两次弹劾。
他早期曾经代表萧应宫去找邢玠和杨镐为沈惟敬求情，被邢玠骂了出来，从此怀恨在心。适逢杨稿蔚山之败，丁应泰便抓住机会上奏。杨稿因在蔚山战役中“以如梅未至，不欲寅功出其上，连鸣金收军”，从而使得陈寅认为自己受到了不公正待遇，而在即将攻入岛山城之时被杨稿换下，又于次日受伤。关于陈寅和李如梅功劳的大小的问题，朝鲜国王和李德馨也讨论了一番。但此时作为陈寅同僚的游击周陛、周冕对此愤愤不平，认为陈寅功应居首。于是便向丁应泰告发。丁应泰在听完周陛的控诉后，开始收集关于弹劾杨稿的资料，数月之后找到杨稿，无防备的杨稿将所有事情如实告知于他，还把张位写给他的信件给他看。于是丁应泰上疏万历。
丁应泰指责杨镐
这次奏疏，从第二次出援朝鲜的东征高级将领至内阁中的辅政大臣，皆榜上有名。不过这则奏疏有些罪名丁应泰说的有道理，比如他指责杨镐“倭至则弃军士而潜逃，兵败则议屯守以掩罪，既丧师而辱国，敢漏报而欺”；批评辽东军军纪太差，李如梅“凌蔑将官，淫掠属国”，这都是事实；但有些则是成心构陷。比如丁应泰说“辽兵阵亡已逾二万，皆丧于如梅兄弟之手”，还有“镐与如梅媚倭将清正，与之讲和，以私通清正之书进呈”。
这明显歪曲真相；最后指向内阁辅臣张位、沈一贯，丁应泰在奏疏里说，杨镐之所以能得到这个经理位子，是朝鲜人贿赂张阁老的结果，而杨镐在朝鲜的胡作非为，是张、沈二人在背后为其撑腰。丁应泰作为赞画，何以有如此大的权利弹劾杨稿和朝鲜呢？可以从两个方面分析：一方面，这可视为这也是明廷内部党争外延到朝鲜战场上的一个表现，对此，杨稿在被弹劾后与朝鲜大臣李德馨进行过两次谈话。
朝廷内部的党争
由上可知，杨稿深知自己被参的原因是因为朝廷内部的党争。丁应泰是内阁首辅赵志皋的门人，赵志皋是主和派，封贡事败后他受牵连闲在家中。次辅主战派张位启用杨镐，于是赵指使丁应泰弹劾杨镐，意在排除张位。赵的目的达到了，此后杨稿被免职，张位被停职。同时此次党争的另一结果间接促使了杨元的死亡，杨元是两次援朝战争中的重要将领，丁应泰弹劾杨稿、麻贵、邢玠乃至身后的大学士张位、沈一贯等人，在这种情况之下，杨、麻、邢等人必须要把责任往外分，通过查阅查阅史料时能看到，南原之战在万历二十五年八月打完，一直到万历二十六五月，兵部才正式提出处置杨元。关于杨元的责任追究，都是在杨镐被弹之后才纷纷冒出头来，杨元成为党争的牺牲品；另一方面，此弹劾事件乃为南兵与北兵之间的矛盾在丁酉再战阶段的升华，在杨稿被弹劾后，朝鲜君臣之间的一次对话。
杨镐是河南人，青睐北军，对于南军则保持距离，引起南兵的不满，导致南军游击周陛向丁应泰告状。可见南、北兵之间的矛盾从战争开始至战争结束始终存在。丁应泰因为弹劾杨镐私下交好朝鲜，有协助朝鲜谋反之嫌，并且在朝鲜为杨稿辩诬的同时上奏称朝鲜与日本相通。所以在朝鲜名声极其不好，朝鲜君臣对杨镐的评价很高，朝鲜君臣评价杨镐是“受命东来，竭力尽诚躬……擐甲冑，亲冒矢石……微经理小邦得有今日乎？”在朝鲜与军民关系颇佳。
所以杨镐在启程回国时朝鲜父老“遮道号哭”，杨镐也是“垂涕而去”。在杨镐回国后，甚至有朝鲜人认为“协谋宣力，殚竭思虑，而勇往直前，任怨敢为，最其长处也……文职大官，环甲上阵，暴露虎穴，与提督及诸将，励气督战……天不见佑，事又败意，累年经营，皆将坏了。万一浮议未定，边情莫白，则臣之灭亡，有不暇顾，而窃恐天下大计，自此去矣。”朝鲜后为杨稿立生祠以铭记其对朝鲜的恩德。为时七年的抗倭援朝战争期间，明军内部的矛盾一直存在，以上例举仅为皮毛，在驻守异国作战期间，大敌当前，明军内部的种种矛盾无疑会削弱明军的战斗力，也会因此加剧与朝鲜之间的矛盾，从而延缓了整个战争的历程。
万历二十年至万历二十六年（—年）明军两次援朝作战，挫败了丰臣秀吉侵略朝鲜，进而进攻中国的狂妄计划，拯救了处于危险中的邻邦朝鲜，但抗倭援朝战争之所以拖了七年，日本侵略者之所以退而复来，除了日本和朝鲜自身的原因之外，和战争期间明朝与朝鲜的摩擦以及明朝内部之间的矛盾关系颇大。明朝与朝鲜在战争前因礼制、走私贸易和观念不同等诸多原因导致双方往来上已产生摩擦，这就为在后来双方军事合作、将领调令等问题上埋下了矛盾的种子。
朝鲜人民对明军反感
明廷认为日本能快速侵略朝鲜是因为日本通常都有朝鲜人民作为向导或是内应，这是明朝不信任朝鲜的开端。但明朝在进行多次试探后以统治理念为前提，出兵朝鲜，是为了要避免“唇亡齿寒”之祸。朝鲜在与明朝关系上，一直都是奉明朝为宗主国，认为明朝出兵援助朝鲜是天朝施恩于小邦，故在战事的合作上是处于服从与配合的立场，但仍在作战上对明朝将领和明军心存不满。因为明朝将领在战争失利时，会谎称大败日军上报明朝朝廷；在战事失利时，多把责任推给朝鲜军队，这些令朝鲜人民对明军反感；再加上和议阶段的封贡问题，因为两国立场的不同，朝鲜对明朝更是意见颇深。
战时，明朝在战争前期受日本假情报影响，在失败后认为朝鲜通敌；朝鲜军与明军联合作战，在大力支援明军的状况下，却反被明朝大臣诬陷参战不利。战争中朝鲜既要接待大量明朝使臣、将领等，提供粮草与赏赐，又要面临明军部分将领、士兵不守军纪，大量抢夺财物等扰民事件，这些在朝鲜方面看来是一种很大的侵扰。战后因此也出现了并非朝野上下皆视明军为英雄的情况。
笔者认为，虽然这场战争中明、鲜矛盾频频发生，相对而言延缓了战争进程，但这并不是主流，两军之间的合作才是关键，两军的合作最终取得战争的胜利说明了这一点，需要指出的是，战争的胜利是属于明、鲜联军的，并不应该过分夸大一方的功劳或者忽略另一方的功劳。明朝内部自朝鲜请求出兵开始至整场战争结束，矛盾一直存在。从廷议出兵开始，包括议和封贡以及此过程中明廷对沈惟敬态度转变巨大等诸多问题。同时朝廷内部的矛盾也扩展到上千公里外的朝鲜，以李如松为主体的北军集团为了自身利益压制以宋应昌为主导的南军集团，致使战争第一阶段呈现将帅以及南北军不和的现象；丁酉再乱之时，丁应泰诬告杨稿事件以及刘綎与陈璘的不和等明军内部摩擦频频发生。
南、北军矛盾激化
伴随着论功不均、李如松碧蹄馆诸多等诸多事件，南、北军之间的矛盾愈发激化。李如松和宋应昌（抑或北军与南军）之间的矛盾，一方面有着两人各自代表的利益集团之间争权夺利的因素之外；另一方面也凸显了明朝体制的弊端。明朝虽然实行“文臣节制武将”的政策，但“将在外君命有所不受”，何况是战果累累的李如松。
最后
明军的援朝战争最后获得了战略上的胜利，但是在具体的战争过程中，北军屡有骚扰朝鲜民族等败坏军纪行为的发生，更有甚者，斩杀朝鲜人以充当日本人，这不仅影响了与朝鲜的合作关系，更折射出了明军战斗力的虚弱。对此，笔者认为可以从两个方面来考虑：一是从全局来看，我们不能苛求古人具有现代版的国际主义精神和境界；二是明朝的军事体制和战时作战体制存在的弊端共同催生的结果。七年战争期间虽各方矛盾频现，但万历时期的抗倭援朝战争最终在明、鲜联军的共同努力下取得了伟大胜利。回顾历史，我们感慨万千，作为当代的东北亚各国，都不应该忘记过去，只有正确认识历史，并吸取教训，才会不重蹈历史覆辙，正确面对现实和未来。
